Drackendorf liegt am südöstlichen Stadtrand Jenas in einem Seitental des Saaletals. Es wird durchflossen vom (heute teilweise verrohrten) Hungerbach/Hungergraben aus dem Langen Grund. Durch die Ausdehnung von Neulobeda mit dem Universitätsklinikum ist Drackendorf diesem Jenaer Stadtteil direkt benachbart.
Die deutsche Siedlung Drackendorf unterhalb der Lobdeburg wurde am 29. September 1280 als „Drachindorf“ erstmals urkundlich erwähnt. Bekannt war der Ort später auch als Drachindorf, Trachinsdorf, Drakendorff, oder Trackendorff. Der Name geht wahrscheinlich auf das Fabeltier Drache zurück. 1278 wurde erstmals der „Obere Hof“ auf der rechten Seite des Hungerbachs als „Edelsitz“ erwähnt. Besitzer sei ein Jhan von Trackendorf gewesen. Der Ritter Burghold erhielt 1280 das Rittergut „Niederhof“ oder „Unterer Hof“ an der linken Seite des Hungerbachs als Lehen der Herren Lobdeburg – Leuchtenburg.
1653–1656 wurde die Auferstehungskirche von Drackendorf auf der Basis eines spätgotischen Vorgängerbaus um- bzw. neugebaut.
Nach den von Griesheims (1716 bis 1746) erwarb Carl Siegmund (II.) von Ziegesar (1696–1754) durch seine Ehe mit Christiane Sophia von Griesheim 1746 das Rittergut Drackendorf. Der Sohn August Friedrich Carl von Ziegesar (1746–1813) war Kanzler des Herzogtums Sachsen-Gotha-Altenburg, danach bis zu seinem Tod Generallandschaftsdirektor in Weimar. Anton von Ziegesar (1783–1843) war ab 1825 Präsident des Jenaer Appellationsgerichts und ab 1829 Kurator der Universität Jena. Das Herrenhaus/Schloss des Ritterguts war im 18. und 19. Jahrhundert Treffpunkt und Aufenthaltsort von Humanisten und Klassikern wie Goethe, Schopenhauer, Herder, Wieland, Caspar David Friedrich und Frommann. „Täglich kamen Gäste aus dem nahegelegenen Jena, Leute guter Art und jeden Standes“ (Wilhelm von Kügelgen). Gutsbesitzer in Drackendorf waren dann von 1836 bis 1853 Ferdinand Heinrich Wilhelm von Helldorff, gefolgt von seiner Frau Clara, von 1876 bis 1907 Georg Heinrich von Helldorff, gefolgt von seiner Frau Anna. Auf die Familie von Helldorf folgten 1923 bis 1939 die von Perponcher-Sedlnitzky und von 1939 bis 1945 besaß die Familie von der Lancken-Wakenitz das Rittergut. Die Drackendorfer arbeiteten als Gutsarbeiter oder Handwerker.
Am 15. April 1945 besetzte die US-Armee den Ort, am 1. Juli abgelöst von der Roten Armee. Damit wurde Drackendorf Teil der Sowjetischen Besatzungszone und 1949 der DDR. Das Rittergut mit 759 ha Land wurde entschädigungslos enteignet und im Februar 1946 Landarbeitern und Heimatvertriebenen übergeben. Der Gutscharakter wurde systematisch zerschlagen. Mit Entscheid des Innenministers des Landes Thüringen vom 30. Dezember 1948 wurde dem Abriss des intakten und traditionsreichen – von Flüchtlingen bewohnten – Herrenhauses (Schlosses) zugestimmt. Dieser erfolgte unter Protesten, letztlich auf der Grundlage des Befehls 209 der Besatzungsmacht, mit sowjetischer technischer Unterstützung Anfang 1949. 1952 wurde die LPG Drackendorf gebildet. Diese bewirtschaftete auch die noch verbliebenen Gebäude des Gutes.
Ab der Wende 1990 entstanden im Ort zahlreiche Neubauten, auch auf dem Gelände des ehemaligen Ritterguts, dessen restliche Altgebäude wurden privatisiert.
Um den alten Dorfkern entstanden nach der Wende 1990 Neubaugebiete: Zur Lämmerlaide, Oberer Freiberg und Am König. 1997 wurde der ehemalige Schafstall des Ritterguts abgerissen. Er war 1882 aus Sandsteinquadern gebaut worden, sehr groß und fasste 500 Schafe. An seiner Stelle entstand ein Teil des Neubaugebiets Lämmerlaide.
Im Jahr 1994 wurde der Ort nach Jena eingemeindet.
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